餐厨垃圾处理也可以采用厌氧发酵处理。厌氧发酵处理可以减少有机物的浓度，并产生甲烷以供利用。但厌氧发酵的处理周期要比好氧堆肥处理久，一般要2～3周以上，反应才进行的比较好。在餐厨垃圾堆肥过程中，需定时将垃圾堆翻堆以增加菌种与餐厨垃圾的接触，使得菌种处于一个较好的生存环境，从而提高发酵速度。另外由于餐厨垃圾的含水率较高、有机物多，须对一些因素加以控制。餐厨垃圾处理含水率过高，会降低反应器的容积负荷。另外在堆肥过程中产生的有机酸，会抑制甲烷的产生，而过高的碱度也会抑制甲烷菌的产生，因此须合理的调节pH。餐厨垃圾处理经过堆肥后，其产物具有肥效快、肥效稳定、体积少和病原菌少等优点。